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Componentes principales en mapeo asociativo JBAG
Peña Malavera,A; Gutierrez,L; Balzarini,M.
El mapeo asociativo (o mapeo por desequilibrio de ligamiento) permite encontrar lugares específicos del genoma relacionados con la variación de un carácter fenotípico. Es una práctica difundida en el mejoramiento de especies vegetales ya que no necesita la utilización de poblaciones provenientes de cruzamientos controlados. Sin embargo, se ha detectado que en poblaciones estructuradas genéticamente, el número de falsos positivos en la asociación marcador-carácter puede aumentar significativamente. El análisis de componentes principales constituye una herramienta para identificar la estructura y expresar la misma en un número reducido de componentes principales (CPs). Entonces, estos CPs se pueden incorporar como covariables en el modelo de asociación....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Modelos lineales mixtos; Análisis de componentes principales; Estructura genética.
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1852-62332014000300003
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Modelos estadísticos para estudios de asociación fenotipogenotipo en poblaciones genéticamente estructuradas JBAG
Peña Malavera,A; Gutierrez,L; Balzarini,M.
El mapeo asociativo (MA) es usado para encontrar regiones específicas del genoma relacionadas con la variación de un carácter fenotípico. Sin embargo, se ha detectado que en poblaciones con estructura genética poblacional (EGP), la cantidad de falsos positivos en la asociación fenotipogenotipo aumenta. El objetivo de este trabajo fue evaluar el desempeño de modelos de MA que consideran la EGP mediante distintas estrategias desarrolladas bajo la teoría de los modelos mixtos. Se evaluaron modelos de regresión fenotipo-genotipo incluyendo las siguientes matrices para modelar EGP: matriz Q (probabilidad de pertenencia de cada individuo a cada subpoblación), matriz P (componentes principales de los datos de marcadores), matriz K o de parentesco genético entre...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Modelos lineales mixtos; Estructura genética poblacional; Tasa de falsos positivos.
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1852-62332016000300005
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